Ở bậc Sau đại học, Khoa Môi Trường phụ trách chuyên môn 02 ngành đào tạo Thạc Sĩ và 2 ngành đào tạo Tiến Sĩ. Phòng Sau Đại học của Trường quản lí hành chính. Các vấn đề liên quan đến tuyển sinh, qui chế, ... có thể xem ở trang web của Phòng Sau Đại học.

Đào tạo thạc sĩ:

• Ngành Khoa học môi trường
• Ngành Quản lý tài nguyên và môi trường

Đào tạo Tiến Sĩ:

• Ngành Môi trường đất và nước
• Ngành Quản lý tài nguyên và môi trường